OEI bao gồm ba cơ quan: Đại hội đồng, Hội đồng chỉ thị và Tổng thư ký.

Đại hội đồng

Đại hội đồng, cơ quan tối cao của tổ chức, gồm đại diện (hoặc đoàn đại biểu) từ các quốc gia thành viên. Nó thiết lập các chính sách OEI, đánh giá và phê duyệt kế hoạch hoạt động, chương trình và ngân sách toàn cầu của tổ chức, sửa các khoản phí hàng năm và chọn Tổng thư ký.

Hội đồng chỉ thị

Hội đồng Chỉ thị được Đại hội đồng ủy nhiệm để kiểm soát chính quyền và chính quyền của OEI. Được thành lập bởi các bộ trưởng của các quốc gia thành viên của giáo dục (hoặc đại diện của họ), nó được điều chỉnh bởi bộ trưởng giáo dục của đất nước mà cuộc họp Đại hội đồng tiếp theo sẽ được tổ chức. Chức năng chính của nó là phân tích và phê duyệt báo cáo về các hoạt động, chương trình, ngân sách hai năm một lần và báo cáo tài chính của OEI.

Tổng thư ký

Tổng thư ký được Đại hội đồng ủy nhiệm làm người điều hành của OEI, đại diện cho chính phủ, các tổ chức quốc tế và các tổ chức khác. Nó chỉ đạo, quản lý và thực hiện các chương trình và dự án của tổ chức. Tổng thư ký có cơ cấu nội bộ linh hoạt, có thể thích ứng theo các chính sách, chiến lược và kế hoạch hoạt động.